Arlequin是一款专业的数据分析软件，广泛应用于人类遗传学数据分析领域，能够为用户快速处理DNA序列数据和微卫星数据。软件绿色免费，有着友好的操作界面，集成了AMOVA计算、中性检验以及错配分布等多项功能，可以全面满足大家的各项数据分析和统计需求。此外，软件还具备单倍型频率估计功能，可以在大量的遗传学统计学数据中挖掘用户所需要的信息。
软件介绍
Arlequin主要为从事医学、生物学研究的用户设计，对遗传学有兴趣的用户可以通过软件对统计数据中信息的挖掘，可进行AMOVA计算、中性检验、错配分布等
软件功能
1.Molecular diversity(分子多态性)；
2.Mismatch distribution(错配分布)；
3.Haplotype frequency estimation(单倍型频率估计)；
4.Linkage disequilibrium(连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联)；
5.Hardy-Weinberg equilibrium(哈温—伯格平衡)；
6.Tajima`s neutrality test(Tajima中性检验)；
7.Fu`s neutrality test(Fu中性检验)；
8.Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性检验)；
9.Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验，检测人群的均一性或同质性和中性选择等)；
10.Minimu Spanning Network(最小扩张树或称之为最小支撑树,，基于分子差异)；
11.AMOVA 分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构；
12.Pairwise genetic distances (遗传距离的估计)；
13.Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布)；
14.Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中)；
更新内容
1.直接从DNA序列数据计算位点频谱，但仅基于次要等位基因频谱的SFS计算。
2.无法打开批处理（.arb）文件。
3.当（假设祖先等位基因0）在一个站点不存在时，SFS计算不良。
4.由arlequin和fastsimcoal2生产的不同SFS（主要用于基于MAF的SFS）。
5.如果文件名超过255个字符，则会出错。
6.在arlequin日志文件中没有提到SFS计算。
