ChemBio3D是一款电脑化学绘图软件,该工具可以非常轻松的对三维化学键进行绘制,是广大化学研究和相关工作者的必备工具。软件使用方便,绘制工具丰富,并且可以轻松的导出为多种常见格式进行引用,为化学绘制带来极大的工作效率提升。
软件特色
1、可视化建模
通过3d建模、可视化和计算等功能,科学家能够更好、更快地确定出研究重点,从而提高生产力,快速达成研究目标。学生则可以使用ChemBio3D Ultra官方版更加深入地认识分子的3D空间结构及对其属性所产生的影响。
2、2D与3D模式结构互换
ChemBio 3D集成ChemBioDraw,可简化2D和3D模式之间的结构互换,科学家能够研究小分子和生化制剂的三维形状及属性,并且使合成化学家与计算化学家之间的交流更有效和开放。
3、丰富的应用接口
ChemBio 3D经济实用,充分满足大多数科学工作者的需求,同时也能提供与其它应用程序的接口,满足用户对更高级功能的需求。这款程序在普通桌面系统上即可运行,无需配备高性能和高端制图功能的系统。
4、兼容多款程序、准确预测结果
ChemBio 3D包括多个可选版本,如半经验建模程序MOPAC、半经验和从头开始的Gaussian分子轨道计算,并可连接到从头计算程序GAMESS以及可处理柔性配体的自动对接程序AutoDock。
软件功能
3D眼镜
(W)包括眼镜提供增强的立体声模式与深度的阴影,给现实的三维效果图质量的所有结构。(包括在光盘购买而已。)
自动覆盖
(W)选择多个分子结构,自动对齐靶分子。
ChemDraw盗链
(W)同时2D和3D编辑!使用ChemDraw窗口嵌入在Chem3D画结构的应用。这个强大的功能,增加了一个二维视图,总是在3D视图同步。
chemprop
(W)先进的性能参数包括BP、MP和更多。
ClogP
(W)ClogP产权服务器提供计算的正辛醇/水分配系数的新方法。
二面角驱动
(W)新的构象分析工具允许MM2能量图的生成。
增强的图形
(W)c hem3d使用OpenGL提供高质量的图形显示。
正式指控
(W)分配形式电荷原子和结构将产生离域自动充电。
GAMESS接口
(W)结构的界面会。
组标签
(W)在结构模型视图显示组的标签。
氢键
(W)自动显示氢键在3D视图!
凯库勒/异于寻常的显示模式
(W)之间的虚线和交替的离域和芳香键单双键表示切换。
逻辑
计算分配系数D值的对数,这是所有形式的化合物的浓度之和的比值(电离和非离子化)在一个阶段。
日志
计算一个化合物的溶解度值的对数。这个值显著影响其吸收和分布特征。
mm2
(W)内置mm2生成逼真的三维结构的支持。
MMFF94
(W)MMFF94是分子力学力场支持有机分子和生物大分子。MMFF94力场提供更丰富的原子类型设置为。使MMFF94计算多处理器支持。
模型资源管理器
(W)为探索大型模型的分层树结构的控制。进口Pdb文件和检查链,组,和配体。这个新功能提供了细粒度的控制。
分子建模与动力学
(W)工作站质量的分子模拟。
MOPAC接口
(W)接口的异构结构。(注:MOPAC应用要求。见应用包括部分澄清。)
支援多重处理器
使MMFF94计算多处理器支持。
局部表面
(W)生成和显示对蛋白质的活性位点的局部表面。
PKA
计算出的酸离解常数Ka值的对数,这就是溶液中酸的强度的定量测量。
幻灯片演示文稿软件
(W)嵌入结构模型在PowerPoint文件。旋转和缩放结构模型演示文稿时。
保存到Dropbox
使用云存储通过Dropbox保存在一个安全的可共享的云的位置共享和进口chembio3d模型。
Schr dinger捷豹?接口
(W)接口?薛定谔薛定谔Chem3D捷豹,从头计算软件包。(注:捷豹的应用要求。见应用包括部分澄清。)
光谱分析仪
(W)显示来自捷豹,高斯谱的计算结果,并会在单独的窗口中的图形显示。
随机构象分析
使用随机构象跳跃法测定分子的低能量极小。
结构浏览器
(W)可以让用户轻松浏览一系列的小分子和比较它们的结构和性质。
软件亮点
专业化学绘图工具
这是一个备受化学家和生物学家信赖的专业化学绘图工具,它能准确地处理有机、有机金属高分子、生物聚合物材料(包括氨基酸、肽和DNA和RNA序列)和高级形式的立体化学问题。
预测数据属性、生成光谱
科学家通过使用ChemDraw Professional预测数据属性、生成光谱、建立正确的IUPAC名称、计算反应化学计量学,可以有效地节约时间并提高数据的准确性。
化合物快速搜索命名功能
化学家可以使用ChemDraw Pro绘制并提交SciFinder化合物和反应直接搜索,无论是什么化学类型或结构类型,都能够更加迅速和准确地找到相关的化合物(结构),大大减少科研时间。
便捷的科研交流工具
科学家可以使用生物模板创建生动形象的插图和细胞通路(包括生活化学物品),从而更加快捷、高效并准确地进行科研交流。
怎么画分子
对于初学者来说,ChemBio3D使用的第一个问题就是怎么绘制一个分子,这个基本的化学结构,要怎么完成绘画呢?下面小编就带来教程让你快速了解画法:
1.在化学公式编辑器中用楔形表示法来反映原子或基团的相对空间位置(如下图所示)。
用楔键来反映原子或基团的相对空间位置
2.选择键后,点击右键,选择Object Settings命令(如下图所示)。
选中结构右键选择Object Settings命令
3.点击Object Settings弹出如下图所示对话框,修改键的长短和粗细、以及切割楔键的间隙。
在Object Settings 对话框中修改相应值
例如下图所示:
加粗加大间隙效果示例
4.楔键的取向通过再次点击楔键按钮进行改变(如下图所示)。
通过再次点击楔键按钮改变楔键的取向
5.也可利用3D旋转来实现以实际观察角度来构建的直观立体结构(如下图所示)。
利用3D旋转来构建的直观立体结构
怎么导出图片
1、非常简单,在完成绘图后,选择左上角的File选项中,Save As…,你也可以直接快捷键Ctrl+Shift+S
2、然后保存时选择保存格式,可以看到很多常见图片格式了,JPEG和PNG等都可以,然后保存即可。
怎么画苯环
步骤一 启动ChemBioDraw软件。单击左下角的开始按钮,在弹出的程序下选择ChemBioDraw,然后稍等片刻,即可打开软件。
图1:启动ChemBioDraw软件
步骤二 选择苯环工具。打开ChemBioDraw软件,会发现在窗口左侧是它的模版工具,在最下面有10个环工具,它们的名称如下图所示,这里我们选择最下面的右边的苯环工具。如果你对ChemBioDraw软件中左侧的模版工具不熟悉,可以参考教程:带你一起认识ChemDraw模板工具。
图2:模版下的环工具
步骤三 绘制苯环。选择苯环工具后,在空白文档中单击一下,即可画出一个苯环。如果在相邻边上单击,即可画出两个相连接的苯环,如下图所示。
图3:在ChemBioDraw绘制苯环